关于不动产权证和房产证在拆迁过程中的区别，关键在于拆迁房屋的产权性质和拆迁协议的条款。如果拆迁前已经拥有产权证，并且在拆迁后持有有效的拆迁协议书，仍然可以办理不动产权证。然而，对于没有依法进行产权登记并取得房屋权证的拆迁房，其权益可能无法得到国家法律保护，且可能限制交易。
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处理拆迁房的不动产证问题，需先查明房产的产权属性，然后根据拆迁协议确定权益。接下来，应根据情况选择通过房管部门办理房产证。若已有产权证，应尽快办理变更；若无，则需依据拆迁协议进行操作。