股份应按投资比例分配。根据《公司法》，投资比例决定股份比例，技术核心需评估作价。未及时明确股份，可能导致合作纠纷，影响公司运营。
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股份按投资分配。操作：1.评估技术核心价值，折算成资金；2.按实际投资金额（含技术折算）计算各自比例；3.签订协议，明确股份比例及权益；4.注册公司时，按股份比例出资并登记。
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常见处理方式为按投资比例分配股份，技术核心评估后折算股份。选择时需协商一致，考虑技术价值、投资金额及公司长远发展。