劳动局立案后，工资应按实际工作时间发放。依据《中华人民共和国劳动合同法》，若非法解除劳动关系，需承担经济损失。不及时处理可能导致劳动者权益受损，引发劳动争议。
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立案后工资处理：1.若双方无争议，按实际工作时间结算工资。2.存在争议时，先尝试调解，达成一致后签订调解协议。3.调解不成，向劳动仲裁委申请仲裁，提交证据材料。4.根据仲裁裁决书确定的时间发放工资，若不服可提起诉讼。
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劳动局立案后，工资问题常见处理方式为调解或仲裁。若双方愿意，可选择调解；若调解不成，则应申请仲裁，根据仲裁结果确定工资发放时间。